论文查重软件的高级功能包括：1.多文档比对功能，可以同时检测多篇文档之间的相似度，提高查重的全面性和准确性；2.专业词汇库功能，识别学科专有名词和术语，减少误判；3.定制查重规则功能，根据需求设定查重标准，提高查重效率；4.格式检测功能，检查文档格式是否符合要求，避免格式错误导致的查重问题。

另外，一些先进的论文查重软件还提供了语义分析功能，能够识别文本的语义相似性，避免仅仅依靠关键词匹配而漏掉潜在抄袭；还有实时查重功能，支持在线文档实时查重，及时发现问题。部分软件还结合了人工智能技术，能够不断学习和优化查重算法，提升查重的准确性和速度。这些高级功能的应用，使得论文查重软件在学术领域的应用更加智能、便捷和可靠。